Бюджет программы Секретариата РКБТ ВОЗ финансируется за счёт обязательных и внебюджетных взносов. Обязательные взносы — это платежи, которые страны осуществляют в качестве финансового обязательства по Конвенции. Размер взноса каждой Стороны рассчитывается с учётом уровня благосостояния страны и численности её населения. Внебюджетные взносы представляют собой добровольные пожертвования, предназначенные для финансирования мероприятий в соответствии с Планом работы и бюджетом, принятыми Конференцией Сторон.