La primera reunión de la Conferencia de las Partes (COP1) en el CMCT de la OMS se celebró en Ginebra del 6 al 17 de febrero de 2006. Cuando terminó la reunión, el Convenio había entrado en vigor en 113 Partes. A la COP1 asistieron como observadores sin derecho de voto 50 Estados no Partes, 10 organizaciones intergubernamentales internacionales y 17 organizaciones no gubernamentales. En esta reunión se aprobaron por consenso el Reglamento Interior de la Conferencia de las Partes y la decisión de seguir las Normas de Gestión Financiera de la OMS.

La Conferencia adoptó otras decisiones de fondo, como el establecimiento del sistema de presentación de informes previsto en el Convenio, iniciar el desarrollo de posibles protocolos en materia de publicidad, promoción y patrocinio transfronterizos, así como de comercio ilícito de productos de tabaco, e iniciar la elaboración de directrices sobre los artículos 8 (Protección contra la exposición al humo de tabaco) y 9 (Reglamentación del contenido de los productos del tabaco) del Convenio.

La COP1 también decidió que se crearía una secretaría permanente, la Secretaría del Convenio, dentro de la OMS y con sede en Ginebra.

La Conferencia de las Partes también decidió el establecimiento de una secretaría permanente, la Secretaría del Convenio, en el seno de la OMS, en Ginebra.