إن مؤتمر الأطراف هو الجهاز الرئاسي لاتفاقية المنظمة الإطارية، وهو يعزز تنفيذها ويستعرض تنفيذها بانتظام. ويضم المؤتمر جميع الأطراف في الاتفاقية، ويتولى عقد الدورات العادية كل سنتين. وتعزيزاً لتنفيذ أحكام المعاهدة، تتوخى اتفاقية المنظمة الإطارية وضع أدوات مختلفة، كالبروتوكولات والمبادئ التوجيهية التي تحدد تنفيذ مختلف المواد. ويكفل تقديم التقارير من قبل الأطراف إلى مؤتمر الأطراف استعراض التنفيذ ورصده، ويمكن الأطراف من فهم تجارب بعضها البعض والتعلم منها في إطار عملية التنفيذ.

يمكن أن ينشئ مؤتمر الأطراف هيئات فرعية معينة عند اللزوم تحقيقاً لغايات الاتفاقية. ومن أمثلة ذلك هيئة التفاوض الحكومية الدولية المعنية بوضع بروتوكول بشأن الاتجار غير المشروع بمنتجات التبغ، وهو أول بروتوكول محتمل لاتفاقية المنظمة الإطارية. كما أنشأ مؤتمر الأطراف العديد من الأفرقة العاملة المكلفة بوضع المبادئ التوجيهية والتوصيات من أجل تنفيذ مختلف أحكام المعاهدة. تعمل أمانة الاتفاقية داخل منظمة الصحة العالمية بجنيف، وتقدم الدعم للأطراف من أجل الوفاء بالتزاماتها بموجب الاتفاقية وتمد الأمانة مؤتمر الأطراف وهيئاته الفرعية بالدعم اللازم وتترجم قرارات المؤتمر إلى أنشطة برمجية.